Крупнейшими авиакомпаниями Кении являются Kenya Airways, Air Kenya, Mombasa Air Safari, Fly 540, Safarilink и East African Safari Air. Эти авиалинии обслуживают побережье, национальные парки и западную часть страны. Воздушные налоги включены стоимость билета.
Многие туристические компании предлагают клиентам индивидуальные или групповые перелеты над территорией страны. Это идеальный способ посетить отдалённые районы, избежав долгих изнурительных автомобильных поездок. Практически каждый туристический центр имеет свой аэропорт или взлетно-посадочную полосу.