Озеро Виктория (Victoria), Восточно-Африканская рифтовая зона (Rift Valley), реки Ати-Галана-Сабаки (Athi-Galana-Sabaki) (а также их южные прибрежные области), река Тана (Tana) и северная Эвасо-Нгиро (Ewaso Ng’iro) являются пятью основными бассейнами страны, вмещающими большую часть водных запасов. Восточно-Африканская рифтовая зона содержит несколько бассейнов, формирующих цепь озер от озера Натрон (Natron) на танзанийской границе через озера Магади (Magadi), Найваша (Naivasha), Туркана (Turkana), Элементейта (Elementaita), Накуру (Nakuru), Богория (Bogoria) и Баринго (Baringo). Эти озера различаются по степени щелочности; от пресной воды озера Найваша к сильно щелочному озеру Магади.